אחד הנזקים הכואבים ביותר היה אובדן ספרי התורה והספרים העתיקים, בבתי הכנסת היו ספרי תורה, מחזורים עתיקים, ספרי הלכה וסידורים שעברו בירושה במשך דורות. רבים מאלו נשרפו וכלו בעשן, ואבדתם גרמה צער גדול ונורא לקהילות השונות
הסליחות שאחרי השריפה: כך המשיכו יהודי סלוניקי להתפלל כשמרכז חייהם עלה באש