ישראל הייתה מהמדינות הראשונות שהכירו בעצמאותה של סלובניה. סלובניה פתחה שגרירות בישראל בשנת 1994, בעוד שישראל יוצגה עד כה במדינה באמצעות שגריר לא־תושב. הפוסט הצלחה לשר החוץ: ישראל חונכת שגרירות חדשה בסלובניה, החמישית בשנתיים האחרונות הופיע לראשונה ב- JDN .