לאחר שבני ישיבות המשרתים בגבעתי נשלחו לכלא צבאי בעקבות סירובם לצאת לסיור בנמ"ר לצד פרמדיקית, במועצת האיגוד קבעו כי "גם אם נעשתה טעות בהכרעת הלוחמים, אי אפשר לראות זאת כאירוע בודד המנותק מהמציאות המאתגרת הכללית" – וביקרו את צה"ל: "הענישה המחמירה אינה הולמת את התמונה הרחבה"
איגוד ישיבות ההסדר על סערת סירוב הפקודה: "הענישה אינה הולמת"