כבר לפני שנה וחצי נתניהו הכריע כי האחריות על אבטחת הטיסות הזרות תועבר למשרד התחבורה. לפי דיווח בגלי צה"ל, מאז לא נעשתה פנייה לגופי הביטחון בבקשה לסיוע כלשהו במימוש האחריות הזו וגם שב"כ או המוסד לא הציעו עזרה בנושא. מנהל אגף הביטחון במשרד התחבורה התריע: "זה גדול עלינו". במשרד דחו את הטענות: "ערבוב בין טיסות זרות לחכורות"
ה"פיצוצים הקשים" במשרד התחבורה, והקביעה של נתניהו: אבטחת הטיסות הזרות - שלהם